La FICF va ser fundadora del Sistema Espanyol de Farmacovigilància (SEFV)  l'any 1983. Du a terme l'execució del Programa de Farmacovigilància a Catalunya i és el Centre de Farmacovigilància de Catalunya.

La Targeta Groga , o notificació espontània de sospites de reaccions adverses a medicaments, ha detectat nombrosos efectes indesitjats que eren desconeguts i ha estat la base de decisions reguladores dirigides a millorar la seguretat de l'ús dels medicaments. El SEFV està constituït per disset Centres Autonòmics i un Centre Coordinador, i forma part del Programa Internacional de Farmacovigilància de l'OMS  des de 1984.